戰(zhàn)斗系統(tǒng)是《英雄無敵》創(chuàng)新亮點中較為突出的一點，手動和自動的切換不單單提高了游戲的效率，對于闖關(guān)決勝負(fù)更是非常重要。戰(zhàn)斗系統(tǒng)采用卡牌回合制戰(zhàn)斗，同一場戰(zhàn)斗中最多可以上場6張卡牌，戰(zhàn)斗過程中普通攻擊會自動進(jìn)行，特別的是大招可以根據(jù)自己的需求施放，操控局勢與鼓掌之中，而在卡牌左上方則會顯示大招距離下次施放次數(shù)。

在游戲中，玩家還可以通過手動儲存大招，直到打第三波怪，BOSS戰(zhàn)的時候第一回合打出一片傷害，這對于脆皮隊伍和全爆發(fā)輸出隊伍在挑戰(zhàn)困難關(guān)卡時的一個突破玩法，不再向以往無奈于無法給BOSS致命的一擊。

當(dāng)然游戲戰(zhàn)斗系統(tǒng)還包含很多玩法，譬如中毒等狀態(tài)都會影響每個英雄的作戰(zhàn)表現(xiàn)，需要玩家自己去積累經(jīng)驗，才是獲勝的至高法則。