游戲中章魚博士會控制各種小機器人來阻礙超級英雄，加上他身手敏捷，可以在高樓大廈間來回穿梭，使得逮捕他變得異常困難。在最后的boss戰(zhàn)中，更是使用四只觸手將蜘蛛俠的蛛絲全部反射回去，讓玩家變得束手無策，只能沖上去近身肉搏。

最后蜘蛛俠終于打敗了章魚博士，奪回了滑板碎片，但是，這只是游戲中的劇情。正真的動漫劇情卻非常之雷人，很多動漫迷們紛紛表示難以接受。因為在蜘蛛俠的漫畫里，原蜘蛛俠彼得派克被章魚博士互換了靈魂，在一番對抗后，彼得派克最終還是沒能搶回自己的肉身，最后在章魚博士的體內(nèi)死去，而章魚博士則代替彼得派克繼任蜘蛛俠。

由于彼得派克在臨死前使用生體終端將兩人的精神連接，使得章魚博士以彼得派克的身份重新進行了一次人生回憶，讓他認識到作為一名英雄的職責負擔有多沉重。彼得派克將自己的一切都托付給了自己身體里的章魚博士，而章魚博士也承諾自己會保護彼得派克所珍愛的一切，不再作為一名惡人而活，而是作為蜘蛛俠彼得派克而活。